PCOS之治療目標有數項，如下：
1.減輕體重。
2.治療月經異常與減少長期無排卵所造成之子宮內膜增厚或癌症變化的機會。
3.誘導排卵以治療不孕。
4.偵測與追踪病人因PCOS所可能引發的代謝疾患如葡萄糖失耐、糖尿病、心血管疾病、高血脂症、與肥胖等。
5.治療多毛症。
無生育問題之PCOS患者
PCOS病患之治療必須配合病人之需要而定。如果患者沒有生育問題，或暫時不想懷孕，則治療目標將著重於維持子宮內膜週期性脫落，以避免子宮內膜增厚或癌症變化，並減低男性素值。在這種目標之下，治療的建議有:
(1)如果病人較肥胖，應鼓勵其減重。
(2)口服避孕藥。
(3)黃體素。
(4)治療多毛症。
雌激素與黃體素，可以有效的抑制性腺激素的分泌，因而明顯減少卵巢與腎上腺男性素之分泌，同時可以維持正常月經。
如果患者多毛症較嚴重則可以使用拮抗男性素之藥物。
PCOS病人罹患葡萄糖失耐或糖尿病的機會比一般人大許多，而且病發時間也較早，因此尤其對於肥胖的PCOS病人宜定期半年或每年一次相關篩檢。另由於肥胖本身也會加重胰島素阻抗，而致男性素更高，因此應鼓勵患者減重，事實上據估計，減重10公斤可以使胰島素值下降40%，而G固醇值下降35%，許多病人即可恢復排卵。
近年來由於藥物的進步，PCOS的治療基本上是屬於藥物治療的疾病。不過外科手術治療依然是不應完全放棄的選擇。