最主要的是直接傳染，也就是由性行為而傳染。也有可能經由器物或手污染而間接感染。
根據英國的研究，在50％以上的菜花患者手中，可以偵測出病毒DNA；此外若懷孕婦女患有菜花，胎兒亦可能受到感染。
人類乳突狀病毒是一種極微小的病毒，它專門感染人類表皮及黏膜組織，並會潛伏在人體內。目前已發現的人類乳突狀病毒有一百多種，其中HPV6、11型與菜花有關，尤其是HPV6型，在四分之三的菜花患者中可被檢測出來。部分的人類乳突狀病毒如HPV16、1 8、31、45、56……等也被證實和子宮頸癌有關。目前在台灣，可藉由人類乳突狀病毒基因定型檢測來偵測所有與菜花或子宮頸癌有關的病毒型。基因定型檢測，準確度高，約需自費1600元。
感染人類乳突狀病毒並不一定會發病，即使感染到HPV6、11型病毒，沒有症狀產生的人，在比例上也比長出菜花的患者來得多。根據醫學文獻上的報告顯示：年輕人、經常抽煙喝酒者、擁有多重性伴侶、不使用保險套、有披衣菌感染者均屬較易感染菜花的高危險群。