近日，在國際合成生物學領域權威刊物美國化學學會合成生物學雜誌（ACS Synthetic Biology，影響因子：5.316）上，清華大學教授李梢課題組《基於網絡CRISPR-Cas9組合識別人體細胞中的協同機制》一文被作為封面文章發表。
課題組研究發現，中醫經典名方六味地黃丸及其類方中，能識別出若干可以抑制腸炎細胞惡性轉化的中藥成分。
課題組針對我國消化道惡性腫瘤發病率逐年升高的趨勢，試圖從生物分子網絡角度來認識炎癌轉化和腫瘤發生的內在機理，有助於克服以往單靶標研究模式的局限，從系統的角度進行腫瘤的精準預防，促進腫瘤“治未病”研究的進展。
課題組提出了一個結合計算預測和實驗分析為一體的方法，這一方法可以發現消化系統炎癌轉化過程是如何發生和進展的。
隨後課題組利用CIPHER（一種自主研製的、基於網絡的全基因組致病基因預測方法）進行炎、癌相關基因預測，結合臨床上消化系統不同部位（胃、腸和肝）、不同階段（正常人、炎症和癌症患者）的公共基因表達譜數據，篩選出了哪些基因可能會影響消化系統的炎癌轉化進程，也即與消化系統炎癌轉化顯著相關的候選基因集，構建出影響炎癌轉化的關鍵因子網絡。
接着，課題組使用轉化生長因子（TGFβ1）誘導腸上皮細胞惡性轉化，並用新的CRISPR-Cas9組合（一種基因治療法，這種方法能夠通過DNA剪切技術治療多種疾病）進行篩選，識別炎癌轉化關鍵子網中的差異遺傳相互作用網絡模塊。通過對炎症誘導的差異遺傳相互作用網絡模塊分析，揭示了顯著差異的基因之間的功能協同特徵。
最後，課題組以炎癌轉化關鍵子網中的協同功能模塊為干預靶標，從前期發現的具有抑制炎癌轉化潛在功效的中醫經典名方六味地黃丸及其類方中，識別出若干能夠不同程度地干預網絡中的代謝-免疫等協同作用模塊、抑制腸炎細胞惡性轉化的中藥成分，為從機制上揭示中藥的多成分協同作用提供了新依據、新途徑。
課題組稱，該研究建立了一條計算與實驗相結合的網絡研究途徑，用於發現炎癌轉化過程中的調控機制。並預測了可用於炎癌轉化治療的中藥，為深入理解複雜疾病的發生過程提供了新的思路，同時也為網絡藥理學研究方法上的新進展作出了貢獻。
據悉，早在2014年，該課題組就採用網絡藥理學、系統生物學方法，在“寒熱”的生物學基礎和中藥方劑的研究上取得了新進展。該課題組創建了一套高精度的網絡藥理學智能算法，並在炎癌轉化、中藥網絡調節機制等方面取得了系列成果，為促進中藥“古方新用”探索了一條新路。
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